Погрузись в мир анализа данных NGS на 4-дневном интенсиве!
Осваивай практические кейсы, работай над проектами и предлагай решения в сфере геномики и метагеномики. Мероприятие проводится в гибридном формате: очно на базе Университета ИТМО или онлайн. Участники объединятся в команды, что позволит не только получить новые навыки, но и войти в профессиональное комьюнити биоинформатиков.

Хакатон по прикладной геномике от ПИШ ИТМО

Изучение современных методов анализа данных NGS

Возможность поработать над реальными проектами
в области геномики

Развитие навыков командной работы и общения

Возможность привнести свои собственные проекты и идеи

Поступление в магистратуру ПИШ ИТМО Прикладная геномика без экзаменов

На Bioinformatics bootcamp участники выбирают проект, изучают технологии и инструменты и развивают навыки с помощью наставников, а также посещают воркшопы от экспертов.

возможность в дальнейшем работать над реальными проектами от лаборатории Прикладной геномики и наших академических и индустриальных партнёров.

Популяционная генетика человека

Участники изучат генетическое разнообразие человеческих популяций, анализируя данные о SNP (однонуклеотидных полиморфизмах) и структурных вариациях. Задача — выявить закономерности миграций, адаптаций или изоляции, используя инструменты вроде PLINK или ADMIXTURE. Результаты помогут понять эволюционную историю и генетические особенности разных групп.

Поиск биогенных аминов
в геномах бактерий

Биогенные амины (гистамин, тирамин) могут вызывать отравления и аллергии. Участники разработают пайплайн на Nextflow для поиска генов их синтеза (напр., hdc, tdc) в бактериальных геномах, используя базы данных (KEGG, UniProt). Анализ поможет оценить риски в пищевой промышленности.

Генетика мультифакторных заболеваний

Проект посвящен анализу генетических и средовых факторов, влияющих на болезни вроде диабета или гипертонии. Участники применят GWAS (полногеномный поиск ассоциаций) и методы машинного обучения для выявления ключевых генов-кандидатов и создания моделей оценки рисков. Цель — приблизиться к персонализированной профилактике и терапии.

Если у вас есть свои собственные данные, идея для исследования или просто вопрос, на который давно хотелось ответить, вы можете предложить свой проект и поработать над ним в компании единомышленников с поддержкой наших кураторов!

BYOP (Bring Your Own Project)

Ваша собственная идея проекта

Анализ геномных данных дрожжей после модификаций

Проект включает обработку данных RNA-seq или WGS дрожжей, подвергнутых CRISPR-редактированию. Участники оценят эффективность внесенных изменений, выявят off-target эффекты и отклонения в метаболических путях, используя инструменты вроде DESeq2 или IGV. Результаты важны для биотехнологии и синтетической биологии.

Аннотация организмов с нестандартными геномами

Работа с организмами, у которых необычная организация генома (множество плазмид, горизонтальный перенос). Участники аннотируют гены, предскажут функции через InterPro, Prokka и сравнят с известными таксонами. Задача — адаптировать подходы для сложных случаев, например, архей или симбионтов.

Инжиниринг экспрессии в E. coli

Цель — предсказать «горячие» (высокая экспрессия) и «холодные» (низкая) локусы для интеграции чужеродных генов. Участники проанализируют открытые данные (напр., RNA-seq, ChIP-seq), создав модель, и проверят её на экспериментальных данных из статей. Пайплайн упростит разработку штаммов для синтеза белков.

Магистратура ПИШ ИТМО

191002, г. Санкт-Петербург, ул. Ломоносова, д. 9, литера Д.

Передовая Инженерная Школа ИТМО