Bioinformatic bootcamp

Погрузитесь в мир анализа данных NGS на 4-дневном интенсиве.
Решайте задачки, работайте над проектами и приводите свои идеи в области геномики и метагеномики! Проводим параллельно оффлайн на площадке Университета ИТМО и онлайн. Участники работают в командах по несколько человек — отличная возможность попасть в профессиональное коммьюнити!

Информация

Хакатон по прикладной геномике от ПИШ ИТМО

Преимущества

Проекты

Изучение современных методов анализа данных NGS

Возможность поработать над реальными проектами
в области геномики

Развитие навыков командной работы и общения

Возможность привнести свои собственные проекты и идеи

Поступление в магистратуру ПИШ ИТМО Прикладная геномика без экзаменов

На Bioinformatics bootcamp участники выбирают проект, изучают технологии и инструменты и развивают навыки с помощью наставников, а также посещают воркшопы от экспертов.

возможность в дальнейшем работать над реальными проектами от лаборатории Прикладной геномики и наших академических и индустриальных партнёров.

Метагеномика - поиск новых организмов

Команда сможет выбрать один из метагеномных датасетов — результат данных секвенирования образца окружающей среды из проекта “Атлас микробных сообществ России”. Команде предстоит выяснить состав экосистемы, понять, как он связан с условиями, в которых живёт это сообщество. В каждом из датасетов наверняка найдутся новые виды бактерий - их тоже предстоит определить и понять, к кому они относятся.

Геномы невиданных зверей

В международных базах данных лежит множество геномов, которые проанализированы очень поверхностно, и явно заслуживают немного любви. В первую очередь это немодельные организмы — те, кто не используются как основные объекты исследований в науке. В отличие от широко изученных модельных организмов, таких как мыши или дрозофилы, немодельные организмы - растения, животные, бактерии — могут дать новые знания о генетике, медицине, экологии и других областях науки. Вы можете выбрать того, кто вам понравится, и за время хакатона выяснить про него всё, что сможете - чем его кормить, к чему он устойчив, менялся ли он с кем-нибудь генами, как он выживал и приспосабливался.

Мои бактерии меня берегут

В этом проекте можно будет провести экосистемный анализ микробиома человека. Вы сможете проанализировать метагеномные образцы, связанные с микробиомом человека (например, кишечник, кожа) и выявить влияние микроорганизмов на здоровье человека, а также возможные пути воздействия на состав микробиома.

BYOP (Bring Your Own Project)

Если у вас есть свои собственные данные, идея для исследования или просто вопрос, на который давно хотелось ответить, вы можете предложить свой проект и поработать над ним в компании единомышленников с поддержкой наших кураторов!

Анализ данных секвенирования метагеномов различных экосистем

Сборка и аннотация геномов немодельных организмов

Анализ данных секвенирования 16S метагенома человека

Ваша собственная идея проекта

Охота на вирусы

На сегодняшний день большую популярность получили методы полногеномного секвенирования микробиома. С использованием таких методов в секвенировании часто находятся вирусные последовательности. В рамках проекта предполагается разработать автоматизированный пайплайн для валидации наличия ДНК-вирусов и ретро-вирусов в образцах полученных от пациентов.

Определение штаммов вирусов в данных полногеномного секвенирования

Геномный детектив

В этом проекте участники займутся интерпретацией клинических данных секвенирования нового поколения (NGS) с целью выявления генетических причин различных патологий и фенотипов. Основные задачи включают обработку и выравнивание данных NGS, выявление и аннотацию генетических вариантов, а также их функциональную интерпретацию. Используя биоинформатические инструменты и специализированные базы данных, команды будут оценивать влияние мутаций на структуру и функцию генов, определяя их клиническую значимость.

Интерпретация клинических данных секвенирования NGS